非淋菌性尿道炎是一种传染疾病，在西方国家这种疾病发病率已超过淋病。非淋菌性尿道炎发病缓慢，病程较长，比淋病更容易引起合并症，一旦合并前列腺炎，治疗将很困难。因此，非淋菌性尿道炎一定要及早治疗，彻底康复，以免发生合并症。非淋菌性尿道炎用药治疗一定要连续用药，不要间断，停药不能过早，药量一定要充足。只有做到这些才能够彻底的治疗非淋菌性尿道炎这种疾病。
广大的患者朋友们一定要切记，在治疗时不要随便听信街上某些小广告上的什么药可以治疗，要上正规医院治疗。要根据患者的具体情况而定，而且在检查时，患者不要向医生隐瞒病史，也不要自己滥用抗生素药物，以免延误治疗。要配合医生治疗，严格遵守医嘱，非淋菌性尿道炎是可以康复的。所以不要因为治疗病程的慢长而放弃了。
与其问非淋菌性尿道炎用什么药好，还不如日常中注意个人卫生以避免非淋菌性尿道炎的发生。在生活中要注意正常性生活的卫生，建立良好的个人卫生习惯。避免婚外性交、制止性乱现象。发现患有非淋的一定要及时到正规医院就诊，以免使得病情加重，导致并发症的产生，这样更不利于您的健康。
非淋菌性尿道炎关发附睾、睾丸炎这类疾病，临床可见附睾及睾丸肿大，触之发硬且疼痛明显，阴囊水肿，输精管变粗，抽取水肿之液体可分离出病原体。这是男性非淋球菌性尿道炎的主要并发症，其常与尿道炎同时存在。Reiter综合征：即关节炎、结膜炎、尿道炎三联征。为非淋菌性尿道炎的部分合并症，可能还与遗传因素或自身免疫有关。这些就是非淋菌性尿道炎引起的并发症。
非淋菌性尿道炎还会引起前列腺炎，非淋菌性前列腺炎是常见、复杂而又难治的并发症，有急、慢性之分，但大多数表现为慢性过程，如后尿道、会阴、肛门等部位坠胀、钝痛感，尚可放射到横膈以下各部，从而亦可产生性功能障碍，如性欲衰减、勃起障碍等。如眼色素膜炎，该炎症可引起继发性青光眼，视力更严重地受到损害，甚至失明。为了避免这些情况的产发请及时到医院就诊。